港口及水路运输持续发展。上海港是我国最大的综合性国际中转港，与日本横滨、大阪，比利时安特卫普，美国新奥尔良等8国11个港口建立了友好港关系，与200多个国家和地区的500多个港口、600多家船公司建立了海上贸易往来业务，货物吞吐量一直居全国沿海各港首位。1997年达到1.642亿吨，是1978年吞吐量的2倍多。其中完成集装箱吞吐量达到252.7万TEU，比1990年增长5.5倍，年均增长27.7%，在国际集装箱运输排行榜上名列第11位;外贸吞吐量达到4713万吨，占比重28.7%，创历史最高水平。水路运输在运输业中占居重要地位。与1978年相比，1997年上海水路运量完成14082万吨，增长73.2%;货物周转量完成3840亿吨公里，增长2.3倍。远洋运输完成运量4201万吨，比1978年增长3.5倍。水路沿海货运量完成7259万吨，年均递增5.1%。集装箱运量达2066.7万吨，已占水路货运的14.7%，每月开出的全集装箱班轮达450个，直达世界各大洲。1997年，中国海运(集团)总公司总部和中国远洋运输(集团)公司集装箱运输总部入驻上海，对建设上海国际航运中心发挥了重要的推动作用。